Președintele Traian Băsescu a făcut o “rocadă”. L-a luat consilier pe Bogdan Mănoiu, în locul lui Leonard Orban – plecat în fruntea Ministerului Afacerilor Europene. Până a veni la minister, Orban era consilier prezidențial pe probleme europene, iar Mănoiu conducea Departamentul Afacerilor Europene – care avea să devină Ministerul Afacerilor Europene. După venirea lui Orban și transformarea departamentului european în minister, Mănoiu a rămas secretarul de stat în Ministerul Afacerilor Europene.
Mănoiu a mai lucrat la Ministerul de Externe, dar și la Administrația Prezidențială, unde a fost, în perioada februarie – octombrie 2009, consilier de stat pentru relații internaționale. În perioada iunie 2005 – decembrie 2008, Bogdan Mănoiu a fost de asemenea consilier în cadrul Administrației Prezidențiale.